Mehmet Akif Ersoy Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü 1 Eylül 2006 tarihli senato kararı ile faaliyete geçirilmiştir. Lisansüstü eğitim vermek amacıyla enstitü bünyesinde Veteriner Fakültesi, Eğitim Fakültesi’nin Beden Eğitimi ve Spor Bölümü ile Sağlık Yüksek Okulu bulunmaktadır.

Yüksek Lisans Programı: En az dört yıl süreli bir yükseköğretim kurumundan lisans diploması ya da buna eşdeğer bir derece almış olanların, bu eğitim üzerine yapacakları tezli yüksek lisans programları için dört yarıyıl, tezsiz yüksek lisans programları için en az üç yarıyıl süreli öğrenim, bilimsel araştırma ve uygulama faaliyetlerini kapsar.

Doktora Programı: Yüksek lisansa veya hazırlık sınıfları hariç, en az 10 yarıyıl süreli Tıp, Diş Hekimliği, Eczacılık ve Veteriner Fakülteleri diplomasına, Eczacılık ve Fen Fakülteleri mezunlarının ise yasalara göre bir laboratuar dalında kazandıkları uzmanlığa dayalı sekiz yarıyıl, lisans derecesi ile kabul edilenler için on yarıyıl süreli bir programdır.

Sağlık Bilimleri Enstitüsü’nün idari ve öğrenci işleri ofisleri İstiklal Yerleşkesi’nde Fen Fakültesi binasının ikinci katında bulunmaktadır. Bu alanda 1 Müdür, 2 Müdür Yardımcısı, 1 Sekreter, 1 Personel İşleri, 1 Yazı işleri, 1 Öğrenci İşleri, 1 Özel Kalem, 1 Arşiv, 1 Toplantı Salonu, 2 Depo+Fotokopi Odası ve 1 Santral Odası bulunmaktadır. Eğitim ve Öğretim faaliyetleri her programın kendi Ana Bilim Dalı fiziksel alanlarında yürütülmektedir.